Tak hanya rangka yang lebih kokoh dan tahan bengkok, iPhone 6S dan 6S Plus membawa peningkatan kamera menjadi 12MP yang mampu merekam video 4K, Touch ID generasi ke dua yang diklaim lebih baik, serta teknologi anyar bernama 3D Touch.  Ini adalah fitur tgerbaru yang hanya terdapat pada iPhone 6S dan 6S Plus.

Pada dasarnya 3D Touch mirip dengan fitur Force Touch yang sudah disematkan pada Apple Watch dengan beberapa peningkatan pengalaman penggunaan. Keduanya dapat berjalan berkat modul Taptic Engine. 3D Touch pada iPhone terbaru mampu mengenali sentuhan dan kekuatan tekanan yang diberikan pada layar.